kinetik_model_testing/models/models_list.tex
2026-06-27 17:36:46 +03:00

123 lines
5.5 KiB
TeX
Raw Blame History

This file contains ambiguous Unicode characters

This file contains Unicode characters that might be confused with other characters. If you think that this is intentional, you can safely ignore this warning. Use the Escape button to reveal them.

\documentclass[12pt,a4paper]{article}
\usepackage{fontspec}
\usepackage{polyglossia}
\setmainlanguage{russian}
\setotherlanguage{english}
\setmainfont{Times New Roman}
\newfontfamily{\cyrillicfont}{Times New Roman}
\usepackage{amsmath, amssymb}
\usepackage{geometry}
\geometry{top=2cm, bottom=2cm, left=2cm, right=2cm}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows.meta, positioning}
\begin{document}
\section*{Полные кинетические схемы}
\subsection*{Модель 1: Односайтовый блок открытого канала}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[->, >=Stealth, node distance=1.5cm, thick]
\node (O) {$O$};
\node (OB) [right=of O] {$OB$};
\draw ([yshift=2pt]O.east) -- ([yshift=2pt]OB.west) node[midway, above] {$k_1[B]$};
\draw ([yshift=-2pt]OB.west) -- ([yshift=-2pt]O.east) node[midway, below] {$k_2$};
\end{tikzpicture}
\end{center}
\vspace{1cm}
\subsection*{Модель 2: Двухсайтовая последовательная блокада открытого канала}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[->, >=Stealth, node distance=1.5cm, thick]
\node (O) {$O$};
\node (B1) [right=of O] {$OB_1$};
\node (B2) [right=of B1] {$OB_2$};
\draw ([yshift=2pt]O.east) -- ([yshift=2pt]B1.west) node[midway, above] {$k_1[B]$};
\draw ([yshift=-2pt]B1.west) -- ([yshift=-2pt]O.east) node[midway, below] {$k_2$};
\draw ([yshift=2pt]B1.east) -- ([yshift=2pt]B2.west) node[midway, above] {$k_3[B]$};
\draw ([yshift=-2pt]B2.west) -- ([yshift=-2pt]B1.east) node[midway, below] {$k_4$};
\end{tikzpicture}
\end{center}
\vspace{1cm}
\subsection*{Модель 3: Ловушечный блок (trapping) -- полная схема}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[->, >=Stealth, node distance=2.5cm, thick]
% Состояния
\node (O) {$O$};
\node (B1) [right=of O] {$OB_1$};
\node (B2) [right=of B1] {$OB_2$};
\node (C) [below=of O, yshift=-1cm] {$C$};
\node (CB) [below=of B2, yshift=-1cm] {$C_{B}$};
% Горизонтальные переходы (блок/деблок)
\draw (O) -- (B1) node[midway, above] {$k_1[\text{B}]$};
\draw (B1) -- (O) node[midway, below] {$k_{-1}$};
\draw (B1) -- (B2) node[midway, above] {$k_2$};
\draw (B2) -- (B1) node[midway, below] {$k_{-2}$};
% Вертикальные переходы (ворота)
\draw (O) -- (C) node[midway, left] {$\alpha$};
\draw (C) -- (O) node[midway, right] {$\beta$};
\draw (B2) -- (CB) node[midway, left] {$\gamma$};
\draw [->, dashed] (CB) -- (B2) node[midway, right] {$\delta$ (оч. медл.)};
% Отметка, что OB1 не переходит в CB
% \node[draw=red, dashed, inner sep=0pt, fit=(B1) (CB), label={[red]right:нет перехода}] {};
\end{tikzpicture}
\end{center}
\vspace{1cm}
\subsection*{Модель 4: Преблокада закрытого канала -- полная схема}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[->, >=Stealth, node distance=2.5cm, thick]
% Состояния
\node (C) {$C$};
\node (CB) [right=of C] {$C_{B}$};
\node (OB2) [below=of CB, yshift=-1cm] {$OB_2$};
\node (O) [left=of OB2, yshift=0cm] {$O$};
\node (OB1) [above=of O, yshift=0.5cm] {$OB_1$};
% Переходы в закрытом состоянии
\draw (C) -- (CB) node[midway, above] {$k_{\text{pre}}[\text{B}]$};
\draw (CB) -- (C) node[midway, below] {$k_{\text{off,pre}}$};
% Активация из закрытого блокированного в открытый блокированный (глубокий сайт)
\draw (CB) -- (OB2) node[midway, right] {$\alpha'$};
% Связывание глубокого сайта из открытого состояния (для полноты)
\draw (O) -- (OB1) node[midway, above] {$k_1[\text{B}]$};
\draw (OB1) -- (O) node[midway, below] {$k_{-1}$};
\draw (OB1) -- (OB2) node[midway, right] {$k_2$};
\draw (OB2) -- (OB1) node[midway, left] {$k_{-2}$};
% Диссоциация из OB2 в открытое O (минуя OB1?) для простоты можно изобразить возврат через OB1
% Активация незаблокированного канала
\draw (C) -- (O) node[midway, left] {$\alpha$};
\end{tikzpicture}
\end{center}
\vspace{1cm}
\subsection*{Модель 5: Размерно-селективный trapping -- полная схема}
\begin{center}
\begin{tikzpicture}[->, >=Stealth, node distance=2.5cm, thick]
% Состояния
\node (O) {$O$};
\node (OB1) [right=of O] {$OB_1$};
\node (OB2) [right=of OB1] {$OB_2$};
\node (C) [below=of O, yshift=-1cm] {$C$};
\node (CB) [below=of OB2, yshift=-1cm] {$C_{B}$};
\node (esc) [below=of CB, yshift=-0.8cm, text width=2cm, align=center] {Выход в\\ цитоплазму};
% Горизонтальные связывания
\draw (O) -- (OB1) node[midway, above] {$k_1[\text{B}]$};
\draw (OB1) -- (O) node[midway, below] {$k_{-1}$};
\draw (OB1) -- (OB2) node[midway, above] {$k_2$};
\draw (OB2) -- (OB1) node[midway, below] {$k_{-2}$};
% Воротные переходы
\draw (O) -- (C) node[midway, left] {$\alpha,\beta$};
\draw (OB2) -- (CB) node[midway, right] {$\gamma$};
\draw [->, dashed] (CB) -- (OB2) node[midway, left] {$\delta$ (медл.)};
% Размерно-селективный выход
\draw [->, red, thick] (CB) -- (esc) node[midway, right] {\small $k_{\text{esc}}(r)$};
\node [red] at (6,-4) {$r$ -- радиус иона};
\end{tikzpicture}
\end{center}
\end{document}